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【6h】Concentration and molecular detection of bovine adenoviruses for fecal source tracking.

机译牛腺病毒的浓缩和分子检测,用于粪便来源跟踪。

【摘要】To assess the utility of bovine adenoviruses (BAdV) as fecal source indicators, we determined their prevalence in bovine manure and examined techniques for their concentration and detection in environmental samples. We compared procedures to recover adenovirus DNA and remove polymerase chain reaction (PCR) inhibitors from fecal and manure samples spiked with human adenovirus type 41 (HAdV-41). The Zymo Research Soil Microbe (ZRsm) DNA extraction kit(TM) demonstrated the greatest sensitivity and inhibitor removal of the methods evaluated and facilitated the PCR detection of exogenous HAdV-41 in bovine, canine, cervid, and porcine fecal samples and in bovine urine, bedding and manure. Unamended animal waste samples were extracted with the ZRsm kit and interrogated for indigenous atadenoviruses and mastadenoviruses using novel, genus-specific semi-nested PCR assays targeting the AdV hexon gene; genetic similarity among human and bovine mastadenoviruses, which has confounded the design of BAdV-specific PCR primers, was overcome by the design of PCR assays based on allele-specific PCR. Eight of the ten prototype BAdV, plus two BAdV that diverged from previously reported genotypes, were amplified from samples having a suspected urine component; all bovine fecal samples examined were BAdV-negative. Phylogenetic analysis of partial mastadenovirus hexon sequences demonstrated unambiguous discrimination of human vs. animal viruses and implied the discovery of three novel Mastadenovirus species.;The detection of viruses in water samples commonly requires the concentration of 10- to >100-L samples. Electropositive NanoCeramRTM syringe filters were evaluated for the retention and recovery of two bacteriophages (MS2 and PRD1) and two adenoviruses (BAdV-1 and HAdV-41) from water. We demonstrated ≥ 99% removal and 0--90% recovery of bacteriophages from feed water, depending on bacteriophage identity and the composition of filter eluents evaluated. Electrostatic and hydrophobic mechanisms contributed to bacteriophage-filter binding. However, optimized eluents were ineffective at recovering adenoviruses: we observed ≥98.6% retention of both adenoviruses on the NanoCeram filters, but less than 5% recovery of these targets. Considering these findings, the recovery of specific viral targets must be verified and optimized before NanoCeram filters are adopted generally for the concentration of viruses in water samples.

【摘要机译】为了评估牛腺病毒(BAdV)作为粪便来源指标的效用,我们确定了它们在牛粪中的流行程度,并研究了其在环境样品中的浓度和检测技术。我们比较了从掺有41型人类腺病毒(HAdV-41)的粪便和粪便样品中回收腺病毒DNA和去除聚合酶链反应(PCR)抑制剂的程序。 Zymo Research土壤微生物(ZRsm)DNA提取试剂盒(TM)展示了所评估方法的最大灵敏度和去除了抑制剂,并促进了牛,犬,宫颈,猪和猪粪便样品以及牛尿中外源HAdV-41的PCR检测,被褥和肥料。使用ZRsm试剂盒提取未经修饰的动物粪便样品,并使用针对AdV六邻体基因的新的属特异性半巢式PCR检测方法对本地的腺病毒和乳腺腺病毒进行询问。通过基于等位基因特异性PCR的PCR分析设计,克服了人类和牛乳腺腺病毒之间的遗传相似性,这混淆了BAdV特异性PCR引物的设计。从具有可疑尿液成分的样品中扩增出十个原型BAdV中的八个,再加上两个与先前报告的基因型不同的BAdV;所有检查的牛粪便样本均为BAdV阴性。对部分乳腺腺病毒六邻体序列的系统进化分析表明,人类和动物病毒具有明确的区分性,这意味着发现了三种新的马斯特腺病毒种。水样品中病毒的检测通常需要浓度为10-> 100-L。评价了电正性NanoCeramRTM注射器过滤器从水中保留和回收的两种噬菌体(MS2和PRD1)和两种腺病毒(BAdV-1和HAdV-41)。我们证明,根据噬菌体的身份和所评估的滤池洗脱液的组成,从进水中可以去除≥99%的噬菌体并且可以回收0--90%的噬菌体。静电和疏水机制有助于噬菌体-过滤器结合。但是,优化的洗脱液在回收腺病毒方面无效:我们观察到两种腺病毒在NanoCeram滤膜上的保留率均≥98.6%,但这些靶标的回收率不到5%。考虑到这些发现,必须对特定病毒靶标的回收率进行验证和优化,然后才能普遍采用NanoCeram过滤器对水样中的病毒进行浓缩。

【作者】Sibley, Samuel D.;

【作者单位】The University of Wisconsin - Madison.;

【年(卷),期】2010(),

【年度】2010

【页码】137 p.

【总页数】137

【原文格式】PDF

【正文语种】eng

【中图分类】;

【关键词】

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